Illumina高通量測(cè)序分析人結(jié)腸惡變組織黏膜菌群變化

摘要： 目的分析結(jié)腸腺瘤及腺癌患者的正常組織和惡變組織黏膜菌群特征,試圖尋找癌變過程中黏膜菌群變化趨勢(shì)。方法研究對(duì)象為廣東醫(yī)學(xué)院附屬南山醫(yī)院消化內(nèi)科就診的5例腺瘤和2例腺癌患者,腸鏡下取微量的結(jié)腸黏膜組織,每例患者收集病變組織和病變旁5~10cm處的正常組織,用試劑盒提取基因組DNA,PCR擴(kuò)增16SrRNAV3~V4區(qū),對(duì)PCR產(chǎn)物進(jìn)行二代Illumina高通量測(cè)序,通過COPE軟件分析和統(tǒng)計(jì)樣品序列數(shù)目,在0.97相似度下利用QIIME(v1.8.0)軟件將序列聚類為用于物種分類的OTUs(Operationaltaxonomicunits),進(jìn)一步分析結(jié)腸正常組織和惡變組織的黏膜菌群物種豐度及結(jié)構(gòu)組成特點(diǎn)。結(jié)果14個(gè)樣本共得到3306個(gè)OTUs,測(cè)序深度不一;腺癌患者結(jié)腸正常組織黏膜菌群多樣性指數(shù)高于惡變組織,腺瘤患者的兩組指數(shù)比較沒有一致規(guī)律。14個(gè)樣本的共有菌門為6個(gè),7例患者的黏膜菌群均以厚壁菌門(Firmicutes)、擬桿菌門(Bacteroidetes)以及變形菌門(Proteobacteria)為主,在2例腺癌患者惡變組織的黏膜菌群中,梭桿菌門(Fusobacteria)比正常組織顯著增多,占30%以上,成為了優(yōu)勢(shì)菌門,而在5例腺瘤患者的兩組黏膜菌群比較中均沒有此現(xiàn)象。在綱和屬的分類水平上,梭桿菌綱(Fusobacteriia)和梭桿菌屬(Fusobacterium)仍然在腺癌患者惡變組織和正常組織中存在顯著性差異,均明顯增多且成為黏膜定植的優(yōu)勢(shì)菌。結(jié)論腺瘤到腺癌演變過程中,黏膜定植菌群的多樣性變化未出現(xiàn)明顯趨勢(shì),但根據(jù)梭桿菌的變化特點(diǎn)推測(cè)其可能是因癌癥發(fā)生發(fā)展導(dǎo)致了數(shù)量的增多,而并非是結(jié)腸癌發(fā)生的病原學(xué)因子。 （共7頁）