Illumina MiSeq高通量測(cè)序分析核桃內(nèi)生細(xì)菌多樣性
江蘇農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào)
頁(yè)數(shù)： 5 2015-11-05 11:10
摘要： 應(yīng)用Illumina Mi Seq高通量測(cè)序技術(shù)測(cè)定核桃內(nèi)生細(xì)菌的16S r DNA-V4變異區(qū)序列,使用Uparse等軟件整理和統(tǒng)計(jì)樣品序列數(shù)目和操作分類單元(OTUs)數(shù)量,分析內(nèi)生細(xì)菌的豐度和α-多樣性。獲得了用于分析的有效序列63 183條,OTU數(shù)為103。稀釋曲線表明測(cè)序深度充分,OTU數(shù)量接近于飽和。核桃樣品的Chao1指數(shù)為105.143,Shannon多樣性指數(shù)為1.823。核桃內(nèi)生細(xì)菌主要分布于鞘氨醇單胞菌屬(Sphingomonas,27.27%)、鹽單胞菌屬(Halomonas,27.27%)、土壤桿菌屬(Agrobacterium,45.45%),這3個(gè)屬是核桃內(nèi)生細(xì)菌優(yōu)勢(shì)菌屬。 （共5頁(yè)）
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