基于Illumina HiSeq 2000測(cè)序技術(shù)對(duì)大花序桉根的轉(zhuǎn)錄組特性分析

摘要： 大花序桉(Eucalyptus cloeziana)是中國(guó)重要用材林樹(shù)種,但目前對(duì)其生物信息學(xué)研究緩慢,在一定程度上限制了大花序桉分子育種以及品種改良。采用Illumina Hi Seq TM 2000高通量測(cè)序平臺(tái)對(duì)1年生大花序桉根系轉(zhuǎn)錄組測(cè)序和de novo組裝,將得到的Unigene與公共數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì),同時(shí)進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組分析。結(jié)果顯示,組裝獲得53 433條Unigene,其平均長(zhǎng)度890 bp,N50長(zhǎng)度為1 587 bp;有34 700條Unigene獲得注釋信息,占全部Unigene的64.94%,其中19 327條Unigene注釋到KOG數(shù)據(jù)庫(kù),被分到25個(gè)類別中,共得到32 302個(gè)KOG功能注釋信息;有11 197條Unigene注釋到GO數(shù)據(jù)庫(kù)中,共獲得了54 971個(gè)GO注釋功能,歸于細(xì)胞組分、分子功能和生物學(xué)過(guò)程三大類;有12 181條Unigene得到KEGG注釋,其中6 493條Unigene歸入128條代謝途徑,發(fā)現(xiàn)有57條Unigene參與氮代謝途徑。通過(guò)軟件查找獲得13 290個(gè)SSR位點(diǎn),二核苷酸重復(fù)類型占的頻率最高,其次是三核苷酸、四核苷酸和六核苷酸,五核苷酸重復(fù)頻率最低。本研究首次對(duì)大花序桉轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行分析,為深入開(kāi)展大花序桉分子生物學(xué)研究提供基礎(chǔ)數(shù)據(jù)來(lái)源。 （共10頁(yè)）