利用Illumina MiSeq測(cè)序平臺(tái)分析肉雞盲腸微生物多樣性

摘要： 為對(duì)肉雞盲腸微生物的多樣性進(jìn)行探索,選取15只飼養(yǎng)在相同條件下的科寶-500肉雞,利用Illumina MiSeq測(cè)序平臺(tái)與Qiime等16srRNA序列分析工具在22日齡時(shí)采集盲腸內(nèi)容物進(jìn)行研究。結(jié)果顯示:1)測(cè)序共獲得359 158條有效序列與3 210個(gè)OTU,并且由稀釋曲線可以證明此次測(cè)序結(jié)果比較全面的覆蓋了肉雞盲腸微生物群落。2)各樣品菌群之間存在差異,得到序列的數(shù)量以及菌群多樣性差別較大。3)通過核心菌群分析可知,4個(gè)共享菌群在門水平上分別為:擬桿菌門Bacteroidetes(70.0%±12.1%)、厚壁菌門Firmicutes(25.4%±11.2%)、變形菌門Proteobacteria(4.3%±3.7%)和藍(lán)菌門Cyanobacteria(0.3%±0.5%)。4)有益菌群如乳酸桿菌屬Lactobacillus、雙歧桿菌屬Bifidobacterium雖然存在于盲腸微生物中,但相對(duì)豐度不高。5)PICRUSt分析盲腸菌群對(duì)應(yīng)的基因功能發(fā)現(xiàn):功能轉(zhuǎn)運(yùn)、嘌呤代謝、DNA修復(fù)重組蛋白、氧化磷酸化和甲烷代謝等基因功能豐度最高。由此可見,個(gè)體差異雖然對(duì)肉雞盲腸微生物結(jié)構(gòu)影響較大,但是仍然存在不少共性。 （共9頁）