基于Illumina平臺(tái)的厚殼貽貝外套膜轉(zhuǎn)錄組從頭測(cè)序

摘要： 為了解貽貝貝殼基質(zhì)蛋白的分子多樣性,采用Illumina高通量測(cè)序平臺(tái),對(duì)厚殼貽貝(Mytilus coruscus)外套膜組織開展轉(zhuǎn)錄組文庫(kù)構(gòu)建及從頭測(cè)序研究,總計(jì)產(chǎn)出6 970 102 920nt數(shù)據(jù),共77 445 588條干凈閱讀子;經(jīng)序列拼接與組裝,獲得厚殼貽貝外套膜轉(zhuǎn)錄組單一基因共計(jì)106 452個(gè),總長(zhǎng)55 222 289nt,平均長(zhǎng)度519nt,N50達(dá)到754nt;并對(duì)上述單一基因進(jìn)行了生物學(xué)功能注釋和聚類分析。為進(jìn)一步挖掘貽貝貝殼基質(zhì)蛋白相關(guān)基因,通過(guò)對(duì)單一基因的序列注釋以及利用已知貝殼基質(zhì)蛋白序列進(jìn)行本地搜索,共鑒定出與12種已知貝殼基質(zhì)蛋白同源的厚殼貽貝外套膜單一基因124條。通過(guò)對(duì)厚殼貽貝貝殼基質(zhì)蛋白單一基因進(jìn)行序列分析和比較,發(fā)現(xiàn)厚殼貽貝與其他軟體動(dòng)物,如鮑屬、牡蠣屬和珠母貝屬等在貝殼基質(zhì)蛋白組成以及序列上具有一定的保守性,暗示著貝殼基質(zhì)蛋白可能具有共同的起源;同時(shí),首次從貽貝屬中發(fā)現(xiàn)了3種貝殼棱柱層特異的貝殼基質(zhì)蛋白單一基因。這為后續(xù)貽貝貝殼基質(zhì)蛋白的大規(guī)模鑒定以及對(duì)貝殼形成機(jī)制的探討奠定了基礎(chǔ)。 （共13頁(yè)）